Het werkingsprincipe van de Nauta menger berust op de driedimensionale mengwerking die ontstaat door een combinatie van roterende elementen in één conische mengketel. De mengschroef transporteert het product van onder naar boven. De roterende zwenkarm beweegt de mengschroef gelijktijdig en continu langs de mengerwand, waardoor convectieve en afschuifkrachten ontstaan.
Door de conische ketelvorm nemen de stromingssnelheden van het door zwaartekracht terugstromende product toe naarmate de diameter van de ketel afneemt. Op deze wijze wordt een snelle en intensieve menging verkregen bij een gering krachtverbruik en een zeer hoge mengnauwkeurigheid.